容疑者が認定に異議があるときは、認定通知の日から3日以内（日数は通知の翌日から起算）に特別審理官に対し、口頭審理の請求をすることができる。特別審理官は、関係書類を精査し、容疑者から事情を聴取するなどして、入国審査官の認定に誤りがないかの口頭審理を行う。入国審査官の認定に誤りがあり、退去強制事由がないと判定された場合には、直ちに容疑者は放免される。出国命令対象者であると判定された場合には出国命令手続に移行し、容疑者は出国命令を受けたら直ちに放免される。容疑者が退去強制対象者に該当するとの認定に誤りがないと判定された場合には、その旨と異議の申出の権利を告知される。容疑者が判定に服した場合には、主任審査官により退去強制令書が発付される。
容疑者が判定に異議があるときは、判定通知の日から3日以内（日数は通知の翌日から起算）に法務大臣に対し、異議の申出をすることができる。法務大臣又はその権限の委任を受けた地方入国管理局長は、関係書類を精査し、異議の申出に理由があるかを書面審理する。異議の申出に理由があり、退去強制事由がないと裁決された場合には、直ちに容疑者は放免される。出国命令対象者であると裁決された場合には出国命令手続に移行し、容疑者は出国命令を受けたら直ちに放免される。異議の申出に理由がなく、在留特別許可をしないと裁決された場合には、主任審査官により退去強制令書が発付される。法務大臣等は、異議の申出に理由がない場合であっても、永住許可を受けているとき、かつて日本国民として本邦に本籍を有したことがあるとき、人身取引等の被害者であるときその他法務大臣等が特別に在留を許可すべき事情があると認めるときには、その者の在留を特別に許可し、直ちにその者を放免する。
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ただし、「日本人との婚姻関係がある」と偽装結婚する、在留特別許可の悪用が、在日中国人社会で黒転白（ヘイ・ジャン・パイ）として流行。それを手助けする日本人業者も少なくない。
主任審査官により発付された退去強制令書は入国警備官（又は警察官若しくは海上保安官）が執行する。退去強制令書の発付を受けた者は、入国者収容所長又は主任審査官の許可を得て、自費で本邦を退去することもできる。退去強制を受ける者は原則として本国に送還される。
実務上の取扱いとして、退去強制の費用（主に航空運賃）を自分で支弁できたり、差入れを受けることが可能な者は、身柄が拘束（収容）されていても10日から14日程度で出国ができるが、費用を支弁できない場合は、種々の手続・決裁を経て国家予算で送還されるため、収容状態が長期に及ぶこともある。国家予算を使用することへは批判も根強く、あくまで自費で退去させるようにすべきだとの批判がある。